在密法仪轨中，新进入密宗扎仓修学的弟子首先必须接受入门仪轨——灌顶。灌顶基本上分成四大类：宝瓶、秘密、智慧、句义灌顶。其中宝瓶灌顶又包括十四种灌顶，最常见的有瓶水、佛冠、金刚杵、铃灌顶等等。那么灌顶究竟为何意？密乘典籍上说灌顶乃是驱散、注入之义。上师以其所具备的功德，加授水和冠等事物于弟子身上，驱散、涤除弟子的污垢，纯洁、净化其身心，即身、口、意，并注入智慧。使其成为一个有成熟身心（意为符合修持密法的条件）修持于密法之人的仪轨称作灌顶。灌顶仪轨不应是某个上师的随意创造物，而是真实而正确的，亦必须完全符合密法经典之规定。接受灌顶的信徒才有权听闻、讲说、修持密法，罪垢永静，身心留植修习密道缘分。
在没有授予灌顶的条件下，修持密法则是密乘的一大忌。即便是修持者熟知、精通一切密法经典，若没有授予灌顶，则无论如何修持，不可能获殊胜之成就。即使获得一些微小的成就，师弟二人将堕入罪孽之中。这是密乘的一条基本原理。
当灌顶仪轨举行时，弟子必须在坛城中接受上师的灌顶。坛城，又称曼荼罗、道场、轮园，它是绘有密乘本尊及环绕其卷众聚集场合的一种系统的图案。传说金刚手曾经化身为智慧之坛场向十地菩提萨陀灌顶，传授密乘。这也许就是坛城理论的最初依据。坛城有多种不同的分类，最常见的是绘在布绢（唐卡）上和用彩色细砂画在地上。还有木制或香泥塑成的立体坛城，以及花束坛城（见于密乘典籍，实践中不易多见）等等。
坛城中本尊在密乘里一个极其重要的概念。在密法修持中，本尊是一个起决定性作用的因素。修持者通过本尊来集中意念，手结本尊印契（指修行时采取本尊特定的手势和坐势），口诵本尊真言（咒语），心观本尊，以心中产生的神奇心力，现观和亲见自己内心所崇拜的本尊，从而否定自我，达到悟空或觉的境界。
密乘里本尊是以佛、菩提萨陀的形貌来出现。诸如文珠、观音、金刚手、度母，以及一些畏怖神都可以选作本尊，一般上师为弟子选择符合其根相或性格特征的本尊。